La struttura nazionale della FNP CISL è composta dalla Segreteria Generale, la Segreteria Generale Aggiunta, 5 Dipartimenti, ognuno dei quali fa capo ad un Segretario Nazionale, il Coordinamento Donne, l'Ufficio Legale e l'Ufficio Stampa.
ORGANI DELIBERANTI DELLA FNP CISL
Congresso Nazionale, Consiglio Generale, Comitato Esecutivo, Segreteria Nazionale, Collegio dei Sindaci, Collegio dei Probiviri.
La Segreteria Nazionale e il Comitato Esecutivo sono eletti dal Consiglio Generale, l’organo che discute e definisce gli indirizzi di massima dell’attività sindacale e organizzativa, sulla base delle deliberazioni del Congresso Nazionale, che si riunisce ogni quattro anni e fissa l’indirizzo generale della Federazione.
A metà del mandato congressuale viene convocata l’Assemblea dei quadri e dei delegati, che è organo di rappresentanza e di consultazione sull’attività del sindacato e sui problemi relativi alle organizzazioni sindacali.